Меня зовут не Тимофей. Можно Алексей, а лучше по нику, но принято.
По первому вопросу.
Есть фирмы специализирующиеся на таких услугах. Сам я не пользовался именно такой услугой, но предполагаю, что они составляют договор на юридическое обслуживание или аналогичный. Очевидно в этом договоре прописано что эта фирма заказывает у Вас услуги в зависимости от того на какую сумму будет оплата от клиентов. Иногда заключается такой договор, что фирма выплачивается Вам наличку. И Вы уже сами решаете уплачивать ли с этой налички налоги. Если не сообщите в налоговую сами, то никто об этом не узнает. Да и фирмы сами не заинтересованы распространять информацию налоговой. При выборе такой посреднической фирмы обращайте внимание, чтобы Вам не попалась фирма однодневка. Такое часто бывает, при проверках они исчезают и проверяющие начинают задавать Вам вопросы.
По второму вопросу. Госпошлина 800 рублей. Плюс поход в банк и два визита в налоговую. Действительно, покупателю тоже Важно что написано в документах и иногда они отказываются их менять.
Под каждую отдельную операцию фирме не выгодно добавлять новый код. Есть причины:
1. Придется ждать неделю, которая дается налоговой на изменения.
2. У ООО будет новая выписка и свидетельство о внесении изменений - это дополнительные бумаги, которых у ООО и без них много.
3. Если этот вид деятельности в дальнейшем не понадобится, то его по идее можно убрать и опять заплатить пошлину и обновить документы.
Если же фирма будет периодически оказывать такие услуги, то это может оказаться вполне выгодно - ни кто не откажется от дополнительных денег (богатых лентяев исключаем).
По поводу вывода прибыли Вы, Legioneer, правильно говорите. ИП может просто вывести наличку. А ООО обычно придумываются схемы в которых задействуют ИП на УСН. Им это обычно выходит дешевле, чем если они сами будут выводить деньги и уплачивать связанные с этим расходы а еще и ждать такие моменты, когда это можно сделать.