Здесь скорее всего надо смотреть на конкретный сайт.
Если тратили большие деньги на Яндекс Директ а дохода не было, то возможны следующие причины: неудачно составленное объявление для Яндекс Директа, не привлекательное предложение на сайте (если это продающий сайт). Если сайт совсем не выполняет своих функций, то нужно посмотреть не убрана ли такая возможность вовсе. Например для продающего сайта важен обратный контакт. Чтобы люди знали куда обратиться в случае покупки.
Если сайт зарабатывает на рекламе или размещении ссылок, то для этого пригодятся уникальный контент и оптимизация, используемые Вами. Здесь тоже возможно варианты. Если сайт зарабатывает на рекламе, то необходимо обратить внимание на трафик - количество заходящих на сайт людей. Если сайт зарабатывает размещением ссылок или статей, то важное значение имею показатели ТИЦ и PR (
о том что это за показатели в соответствующей теме).