Одно время пользовался сервисами закладок от Однакнопка. Точно не скажу, но примерно после пяти месяцев этой кнопки Яндекс "обрадовал" меня тем, что мой сайт заражен. Я связался с Платоном, он мне сказал, что система подозревает ваш сайт из за сервиса Однакнопка. Удалил эти закладки, отправил на перепроверку, теперь сайт чист!
Тут, получается, я сам занес "вирус". Но бывает, что сайт заражают посторонние (с определенной целью). Среди большого количества файлов движка, трудно найти те файлы, которые заражены. Тут может помочь "AI-Bolit - антивирус для сайта":
https://revisium.com/ai/. Скачиваем сценарий сканера, запускаем через браузер и ждем результата. Обнаруженный вредоносный код будет указан, где находится и как выглядит.